20 ноября 2020 года решением Священного Синода (журнал 90) Кирилло-Афанасиевский мужской монастырь был переименован в Спасо-Афанасиевский Ярославский мужской монастырь.

Это решение было принято на основании обращения Высокопреосвщеннейшего Вадима митрополита Ярославского и Ростовского на имя Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Кирилла. Со дня основания и до своего закрытия в XX в. обитель называлась Ярославский Афанасиевский мужской монастырь, т.к. была учреждена при церкви Афанасия и Кирилла, патриархов Александрийских. Спасо-Пробоинский храм, находившийся рядом с ней был приписан к обители только в новейшую эпоху в 2010 года, до этого быв «градским». В этой связи, а также после обретения в 2018 года чудотворного образа Спаса Нерукотворного, положившего начало и основанию Спасо-Пробоинского храма и Афанасиевского монастыря потребовалось необходимое уточнение, Священный Синод, рассмотрев представленные исторические документы, утвердил новое наименование обители – Спасо - Афанасиевский Ярославский мужской монастырь.